SMP 3 Pajangan Bantul mulai tahun 2009 dikembangkan menjadi Model Sekolah Sehat (MSS) yang difasilitasi oleh Pusat Pengembangan Kualitas Jasmani Depdiknas Pusat. MoU telah dilaksanakan Rabu, Tanggal 20 Mei 2009 di SMP 3 Pajangan.
Moment ini bertepatan dengan Hari Kebangkitan Nasional, sehingga hal ini diharapkan menjadi awal dari kebangkitan perbaikan kesehatan, dan kebugaran jasmani baik bagi siswa maupun guru dan seluruh komponen sekolah. Tujuan dari program ini adalah peningkatan manusia Indonesia yang sehat jasmani maupun rohaninya.
